意見指出，各地要充實經辦機構，配備專職管理人員，會計和出納分開設置，嚴禁鄉鎮衛生院院長兼任鄉鎮合管辦主任。意見同時還明確了各地實行舉報獎勵制度。

　　意見強調，對套取、騙取新農合基金的定點醫療機構，除追繳套騙資金和依據相應法規進行經濟處罰外，立即取消其定點醫院資格，并向社會公告，5年內不得再申報新農合定點醫療機構；對集體套騙新農合基金的民營醫療機構，除取消定點醫療資格外，按程序吊銷其《醫療機構執業許可證》；公立醫療機構集體套騙新農合資金的，一律撤銷醫院院長職務；對屬醫務人員個人套騙行為的，除給予黨政紀處分及依據相應法規進行處罰外，責任人員當年履職考核不合格，不得參加當年度的專業技術職稱晉升，直接責任人技術職務晉升的時限延緩兩年；性質嚴重、影響惡劣的，依照有關法規吊銷其醫師執業證書；對鄉村醫生套騙的，除追繳套騙資金和依據相應法規進行處罰外，按程序吊銷其鄉村醫生執業證書；參合農民套取、騙取新農合補償資金的，將追繳套騙資金，收回新農合證，取消當年新農合報銷資格。涉嫌違法的，移交司法機關處理。